Coppie di basi del DNA 3b, elaborate alla velocità della vita

Con diversi petabyte di informazioni sul DNA, questo leader mondiale nella genomica sta accelerando la ricerca per curare le malattie più insidiose del genere umano.

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Trasforma le operazioni per accelerare la ricerca

HudsonAlpha necessita di sistemi e soluzioni di connettività flessibili a elevate prestazioni per supportare le intense attività di ricerca, collaborazione e analisi che rendono possibili l’innovazione scientifica.

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L’HudsonAlpha Institute for Biotechnology è un centro di ricerca sul genoma senza scopo di lucro fondato a Huntsville, in Alabama, nel 2008. Con 200 scienziati che lavorano nella sezione no-profit e 600 in quella a scopo di lucro, il campus di quasi 62 ettari dell’istituto ospita ricercatori e scienziati di diverse discipline. L’interesse comune è la scienza della genomica, che promette una comprensione senza precedenti delle cause e delle cure delle patologie. I ricercatori dell’istituto sono anche interessati a collaborare per generare nuove informazioni interdisciplinari e approfondire la comprensione delle tendenze in campo sanitario e dei pool di pazienti a livello globale.

Le attrezzature odierne per la biotecnologia, in particolare i sequenziatori di genoma, generano enormi quantità di dati di ricerca sul DNA. L’HudsonAlpha necessita di un’infrastruttura robusta, dotata della potenza sufficiente a soddisfare le esigenze dei ricercatori, ma abbastanza gestibile da operare a costi contenuti.

istituto di sequenziamento de-novo negli Stati Uniti, per dimensioni

200+

ricercatori

istituto di sequenziamento dell’intero genoma umano negli Stati Uniti, per dimensioni
  • "Nella genomica, la crescita dei dati è talmente rapida che abbiamo dovuto cercare nuove e migliori opzioni per la nostra infrastruttura di storage, rete ed elaborazione".

    Peyton McNully, CIO, HudsonAlpha Institute for Biotechnology

Tecnologia potente a disposizione degli scienziati

L’HudsonAlpha puntava a un’infrastruttura di elaborazione, rete e storage convergente.

Immagine astratta che rappresenta le risorse di elaborazione di HudsonAlpha

L’HudsonAlpha usa la piattaforma componibile HPE Synergy per realizzare una risorsa di elaborazione abbastanza potente da supportare i carichi di lavoro a uso intensivo dei dati dei ricercatori nel campo della genomica, ottimizzando al contempo la gestione dei sistemi. La sua API (Application Program Interface) unica consente agli utenti di programmare l’intera infrastruttura come codice in diversi data center in modo automatizzato. La piattaforma supporta applicazioni, come HPE Vertica Advanced Analytics, che aiutano i ricercatori a identificare tendenze e modelli nelle enormi quantità di dati sul DNA generati dai sequenziatori di genoma.

3 miliardi

coppie di basi di DNA in un singolo genoma umano

250 PB

dati sul genoma prodotti annualmente
  • "Ha fornito istantaneamente un aumento della velocità. Siamo in grado di supportare le esigenze delle nostre 34 società e dei 200 ricercatori che lavorano per noi utilizzando le risorse nel modo più efficiente possibile".

    Jim Hudson, Cofondatore e presidente, HudsonAlpha Institute for Biotechnology

Accelerare la corsa alle cure

L’HudsonAlpha contribuisce alla realizzazione della promessa della genomica di curare il cancro e altre malattie.

Immagine astratta che rappresenta le esigenze di ricerca di HudsonAlpha

Sfruttando la tecnologia HPE Synergy, l’HudsonAlpha è in grado di ottimizzare l’erogazione della potenza di elaborazione necessaria agli scienziati dell’istituto. Ad esempio, in alcuni casi i tempi di riprovisioning delle risorse sono stati ridotti da quattro giorni a due ore: questo consente agli scienziati di reagire rapidamente mentre perseguono le idee di ricerca e, potenzialmente, di ridurre i tempi di conclusione degli studi e di presentazione dei risultati diagnostici.

La soluzione ha incrementato la capacità di storage e ridotto il costo per terabyte, un requisito fondamentale per una piattaforma che deve ospitare i dati sul DNA di milioni di individui, raggiungendo volumi superiori a un petabyte al mese.

800

clienti nel mondo che utilizzano i servizi per i dati genomico dell’HudsonAlpha

3.000

genomi di pazienti di cui sarà eseguito il sequenziamento presso un consultorio, con il supporto dell’HudsonAlpha, per migliorare la diagnosi delle malattie nel 2016
  • "Non cadere nella trappola di una cultura rigida o di una procedura operativa standard. Devi essere abbastanza flessibile da disfarti di un processo o di una soluzione fallimentare il mese o il trimestre successivo".

    Peyton McNully, CIO, HudsonAlpha Institute for Biotechnology

Esempio di soluzione

Queste sono le tecnologie utilizzate dall’HudsonAlpha per condividere i dati sul DNA e accelerare la ricerca sul genoma.


L’HudsonAlpha esegue carichi di lavoro di produzione su infrastruttura componibile HPE Synergy con tre moduli di elaborazione Synergy, un modulo storage HPE Synergy D3940 e tre sistemi HPE SimpliVity 380, con HPE OneView per la gestione dei sistemi. Per verificare la facilità di installazione, l’HudsonAlpha è riuscita a configurare rapidamente questo hardware prima dell’arrivo del team di supporto di HPE.